В Казахстане первые психиатрические больницы были открыты в городе Уральске в 1861 году на 10 коек и в том же году в Джамбейтинском районе на 6 коек при русских военных госпиталях. В городе Верном (Алма-Ата) 14 декабря 1896 года за счет земских денежных сборов было развернуто 10 кроватей для лечения душевно больных.

Психиатрическая служба города Алматы была организована в 1939 году.
Первыми участковыми психиатрами в городе были врачи Шаталова З.В., Смирнова Н., Буханцева Н.Я.

 В Алма-Атинской психиатрической больнице детское отделение открылось в 1949 году.

 Первый психиатрический кабинет был открыт при районных поликлиниках № 6 Фрунзенского и № 2 Советского районов. В 1953 г. был открыт городской психиатрический диспансер. Он находился на улице Зенькова (бывш. ул. Пролетарская) 33, угол ул. Богенбай батыра (бывш. ул. Кирова), который состоял из 3 маленьких домиков. В первом доме был развернут стационар на 60 коек, во втором было взрослое диспансерное отделение, а в третьем – детское диспансерное отделение. Главным врачом была Буханцева Нина Яковлевна.

В 1973 году было построено настоящее здание диспансера на каменистом, неосвоенном участке общей площадью 3 га, работы по благоустройству велись в трудных условиях. Специально для озеленения был принят на работу садовник Ушетов А., которого пригласили из Киргизии. С 1973 года главным врачом стал Губашев Мендеш Шавхатович.

В больнице располагались взрослое и детско-подростковое диспансеры, а также стационарные отделения. С первых дней работы клинического диспансера в отдельном 3-этажном здании разместились дневной стационар на 100 больных, которые проходили реабилитацию в республиканских лечебно-трудовых мастерских. Развернуты швейные и картонажные цеха на 70 рабочих мест, этикеточный, столярный и пластмассовый цеха на 25-30 рабочих мест.

В 1973 году коечная мощность была увеличена до 300 коек. Большое внимание уделялось передовым технологиям усовершенствования труда, был открыт диктофонный центр.

В тот год была эпидемия дизентерии, а затем и гриппа. В связи, с чем при больнице были развернуты дизентерийные койки и койки при гриппе. Только после эпидемий, больница стала принимать  профильных пациентов.

На высоком уровне была и общественная жизнь диспансера, проводились конкурсы «Лучший по профессии», был создан коллектив художественной самодеятельности, всем коллективом праздновали государственные праздники, был создан архив общественной жизни диспансера. По результатам городского смотра 1977 года психоневрологический диспансер занял первое место и награжден переходящим Красным знаменем и Почетной грамотой городского отдела здравоохранения и обкома профсоюза медработников.

С 1979 года АГ ЦПЗ является школой передового опыта для психиатрических организаций республики. В 1982 году был удостоен высокого звания коллектива коммунистического труда, детскому диспансерному отделению присвоено звание отделения коммунистического труда, 7 отделений диспансера являлись отделениями высокой культуры труда.

В 1985 году был открыт отдел амбулаторной судебно-психиатрической экспертизы.

С 1990 года главным врачом Центра работал Хамитов Ильмир Фаватович. Осенью 1990 года при Хамитове И. Ф. была произведена перепланировка в больнице. Сейчас, где располагается администрация, был пищеблок, а на месте, где находится пищеблок, было детское отделение.

В 1990 году было принято решение о передаче специализированных психиатрических бригад в состав центра. Сначала было всего 3 бригады, которые до этого базировались на станции скорой помощи. Позже, учитывая увеличения численности населения, была добавлена еще 1 бригада. С этого времени качество обслуживания населения значительно улучшилось. Были разработаны мероприятия по преемственности обслуживания по схеме: скорая помощь – приемный покой – стационар – диспансерная служба, которые значительно уменьшили трудности в работе.
Это послужило примером для подражания для всех психиатрических служб республики, где также была внедрена эта служба для обслуживания населения, и специализированная психиатрическая помощь выведена в специализированное психиатрическое учреждение.

В конце ноября 2003 года впервые в истории психиатрической службы города было открыто детско-подростковое отделение с коечным фондом 60 больных. В составе отделения функционирует школа (в целях реализации приказа о беспрерывном обучении), оказывается логопедическая, воспитательная, психокоррекционная и психологическая помощь.

Для того чтобы изжить в людях отрицательное отношение к психиатрическому учреждению и создать положительный имидж, в апреле 2004 года психиатрический диспансер был переименован в государственное учреждение «Центр психического здоровья». Несмотря на тяжелое социально-экономическое положение молодого суверенного Казахстана, коллективу Центра удалось сохранить костяк врачебного, сестринского коллектива и традиции учреждения.

Решаются вопросы программного обучения, смена программы обучения, диагностика, терапевтическая помощь, вопросы социального характера (оформление в дома инвалидов), динамика и лечение осуществляются в тесной связи с кафедрой. В соответствии с приказом управления здравоохранения № 94 от 8.12.2005 г. в связи с недостаточностью существующих психиатрических коек для оказания стационарной помощи психическим больным и после принятого решения акима города Алматы коечный фонд был доведен до 510.

С апреля 2012 года обязанности главного врача исполняла Баймаганбетова Кайныш Сагимбаевна.

В этот период были сокращены койки до 415, а также сокращена 1 бригада скорой специализированной помощи.

В феврале 2013 года был создан "Организационно-методический центр анализа суицидальных попыток и суицидов".

С марта 2013 года главным врачом был назначен Алтынбеков Куаныш Сагатович.

В сентябре 2013 года женское отделение было реорганизовано в новое "Психосоматическое отделение для пациентов с пограничными расстройствами".

В марте 2014 года Центр поменял форму собственности и перешел на право хозяйственного ведения.

С декабря 2016 года директором Центра был назначен Абесов Шайхасан Коккозович.

С января 2018 года директором ГКП на ПХВ "Центр психического здоровья" является  Рахменшеев Сапар Куттыбаевич.

11 июля 2018 года  Постановлением Акимата города Алматы за №3/332, в соответствии с Гражданским кождексом Республики Казахстан, Законом Республики Казахстан от 23 января 2001 года "О местном государственном управлении и самоуправлении в Республике Казахстан", было принято Постановление: 

1. Реаргонизовать государственное коммунальное предприятие на праве хозяйственного ведения "Центр психического здоровья" Управления здравоохранения города Алматы  путем присоединения к нему государственного комуннального предприятия на парве хозяйственного ведения "Лечебный центр социальной и трудовой реабилитации" Управления здравоохранения города Алматы и государственного коммунального предприятия на праве хозяйственного ведения "Городской наркологический центр медико-социальной коррекции" Управления здравоохранения города Алматы.

Таким образом, ГКП на ПХВ «Центр психического здоровья» г. Алматы оказывает всю необходимую врачебную, социально-правовую, социально-трудовую и реабилитационную помощь пациентам, страдающих психическими расстройствами, находящимся под наблюдением нашего учреждения.